การประเมินการปฏิบัติงานของผู้ดำรงตำแหน่งบริหารระดับตำแหน่ง อธิการบดี ประจำปีการศึกษา 2559 โดยคณะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิจากภายนอก ซึ่งผลการประเมินของผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.จำเนียร ยศราช อธิการบดี อยู่ในระดับดีมาก จากผลการประเมินประสิทธิผลการบริหารงานตามตัวบ่งชื้หลัก 7 ข้อ ได้ 4.71 ประกอบด้วย 1)การผลิตบัณฑิตและตำแหน่งเปรียบเทียบในกลุ่ม 2)การวิจัย 3)การบริการวิชาการ 4)การบริหารงบประมาณและการเงิน 5)พนักงานและทรัยพยากรมนุษย์ 6)การบริหารและธรรมาภิบาล 7)ความยั่งยืนของมหาวิทยาลัย
นอกจากนั้นยังมีจุดเด่นของอธิการบดีและการบริหารงาน คือ เป็นผู้ตระหนักรู้ในสภาวการณ์ปัจจุบัน มีความมุ่งมั่นตั้งใจในการปฏิบัติงาน มีวิสัยทัศน์ มีธรรมาภิบาล มีการกระจายอำนาจ โดยใช้หลักการมีส่วนร่วมในการปฏิบัติงาน ยึดถือคุณธรรม นิติธรรมในการปฏิบัติงาน ก่อให้เกิดความชัดเจนและความโปร่งใส บุคลากรภาคภูมิใจที่ได้ปฏิบัติงานบนพื้นฐานของความถูกต้อง มียุทธศาสตร์การขับเคลื่อนมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศ มีการสนับสนุนงบประมาณ พัฒนาระบบในภาพรวม ดังนี้
ด้านวิชาการ มีการพัฒนาหลักสูตรใหม่และปรับปรุงหลักสูตรให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัยเชิงนิเวศและการเปลี่ยนแปลงในศตวรรษที่ 21
ด้านวิจัย มีการส่งเสริมและสนับสนุนระบบและกลไกการบริหารและพัฒนางานวิจัย มีผลการประเมินคุณภาพภายในอยู่ในระดับดีมาก และได้รับงบประมาณการวิจัยจากแหล่งทุนภายนอกในปี 2559 เพิ่มสูงขึ้น
ด้านบริการวิชาการ ให้ความสำคัญในการส่งเสริมและสนับสนุนการบริการวิชาการที่เกิดประโยชน์ต่อชุมชนและสังคม
ด้านบริหารงบประมาณและการเงิน พบว่างบรายได้ของมหาวิทยาลัยเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง
ด้านพนักงานและการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ มีผลการดำเนินงานบรรลุตามเป้าหมาย
ด้านการบริหารและธรรมาภิบาล พบว่า ผลการประเมินคุณภาพการศึกษาภายในของมหาวิทยาลัย ประจำปี 2558 และ 2559 อยู่ในระดับดี ผลการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสของมหาวิทยาลัย ในปี 2559 เท่ากับร้อยละ 61.9
ด้านความยั่งยืนของมหาวิทยาลัย ผลการดำเนินงาน 5 ปีย้อนหลังมีรายได้ขยายตัวเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องและสูงกว่าค่าใช้จ่าย ไม่มีภาระความเสี่ยงทางการเงินในระยะยาว มหาวิทยาลัยสามารถใช้สินทรัพย์ทั้งสิ้นเพื่อก่อให้เกิดรายได้อย่างมีประสิทธิภาพ
แสดงให้เห็นว่า มหาวิทยาลัยแม่โจ้ มีผู้บริหารมหาวิทยาลัยที่เปี่ยมด้วยความสามารถ มีวิสัยทัศน์กว้างไกล มีธรรมาภิบาล ที่สามารถบริหารงานและนำพาองค์กรไปสู่เป้าหมายที่วางไว้ได้อย่างภาคภูมิ